凝膠製備液相色譜儀通常都被認為和大容量色譜柱和高流速有關聯的。然而並不是以設備的大小和係統消耗的流動相的多少來決定製備液相色譜，而是依據分離目的來決定。分析液相的目的是給一種組份進行定量和定性。製備液相的目的是對產品的單體進行提取和純化。與傳統的純化方法（如蒸餾、萃取）比較，製備液相是一種更有效的分離方法，因此被廣泛應用在樣品和產品的提取和純化上。
凝膠製備液相色譜儀常用的色譜模式有低壓，中壓，高壓三種，以應對不同類型和不同純度要求的樣品的分離，同時盡可能減少成本。
低壓：一般而言，低壓適合易分離化合物，但分離時間長很容易造成敏感化合物分解。
Flash：Flash是應對低壓分離時間長而出現的替代方法，盡管其分辨率不及中壓，仍常被用於簡單的分離問題。
中壓：中壓一般采用恒流泵提供恒定的流動相流速，填料顆粒更小，分辨率更高，耐受更高壓力和更快流速，同時操作與低壓和Flash基本一致，而蘇州匯通研發的中壓玻璃層析柱，可以轉接到各類低壓和Flash係統，進一步為您節約儀器成本。
高壓：高壓通常在分離製備的末尾階段采用，應用於分離困難的樣品，純度甚至能達到99.9%。
凝膠製備液相色譜儀的主要用於以下領域：
1.天然藥物化學、中藥化學。這是較廣泛的使用方法，為了弄清楚植物中的微量有效成分，開放手工色譜儀早已不夠用了，幾乎每個搞天然藥化的實驗室都至少有一台液相，土豪實驗室人手一台液相。
2.蛋白純化。相對於前者，蛋白純化的起步要稍微晚一點，但是發展很迅速。同時，由於在這個領域的優勢不算太大，也在這個領域加快發展，搶占地盤。
3.藥物雜質純化。由於合成工藝並不能做到100%的產率，往往伴有副產品，如何獲得微量的雜質並確定結構和含量，這就得靠液相色譜儀。
4.手性化合物的製備。這個主要是有機合成和方法學的在用。
