色譜柱在液相係統中起著分離的作用，是液相色譜係統的核心部件之一。柱管材質有玻璃、不鏽鋼、鋁銅、peek以及內襯光滑的聚合材料的其他材質。一般細粒度的填料采用勻漿填充法裝柱，先將填料調成勻漿，在高壓泵作用下，快速將其壓入裝有洗脫液的色譜柱內，經衝洗後備用。 色譜柱使用過程中，如果壓力升高，或出現汙染，選擇適當的條件衝洗或反衝。
1.適用於C18、C8、C4、C1、苯基、PFP、AQ等
使用至少20倍柱體積的含有≥30%誰的極性郵寄溶劑（如乙腈）作為流動相除去柱子中的緩衝鹽；使用至少20倍柱體積的含有95%極性郵寄溶劑（如乙腈）衝洗色譜柱。
汙染物的去除常規星期後柱校沒有明顯恢複時，使用50%異丙醇／乙腈以低流速清洗20倍柱體積以除去汙染物。
2.適用於氨基柱、氰基柱
常規清洗：乙腈：水＝60:40條件對色譜柱進行衝洗，清洗時不建議水相比例超過40%，過高使用水相容易導致鍵和相水解。
色譜柱再生：當色譜柱經過長期使用，柱校降低時，可以對色譜柱進行再生，乙腈：水（水中加入0.05%氨水）＝60:40條件衝洗30倍柱體積。
3.適用於離子交換柱SCX、SAX衝洗方法
日常衝洗：用100%水衝洗30個柱體積除鹽，然後用20%甲醇或乙腈衝洗20個柱體積後保存在20%甲醇或乙腈中。
長期保存：用100%水衝洗30個柱體積去除鹽，然後用50%乙腈；50%水衝洗20個柱體積後保存在50%乙腈：50%水中。
再生：先用高濃度的緩衝鹽（不超過１Ｍ），然後再用100%水洗，100%乙腈或甲醇衝洗，再用20%乙腈或甲醇保存。（以上操作可根據實驗室自身SOP視情況而定）
